Os recenseamentos agrícolas são projetos que tradicionalmente contam com a participação do MAMOT na validação dos resultados. As duas instituições trabalham em estreita colaboração na preparação e execução das diversas etapas da recolha de dados. Um corpo de entrevistadores devidamente preparados e credenciados pelo INE recolhe, junto dos produtores agrícolas, a informação necessária para o preenchimento dos questionários. Nas regiões autónomas a operação é conduzida pelos serviços regionais de estatística: Serviço Regional de Estatística dos Açores (SREA) e Direção Regional de Estatística da Madeira (DREM).